В мультфильме "Манускрипт ниндзя" зритель погружается в атмосферу древней Японии, где происходят загадочные и опасные события. Эпидемия чумы ставит под угрозу жизни всех жителей провинции Ямасиро, заставляя их покидать свои дома. В это нелёгкое время на сцену выходит девушка-ниндзя Кагэро, спасённая бродячим ниндзя-самураем Дзюбэем. Они...