В мрачном и таинственном особняке, где каждый уголок скрывает свои секреты, Скуби-Ду, Скрэпи-Ду и Шэгги оказываются втянутыми в вихрь захватывающих событий. Неожиданно к ним присоединяются три брата Бу — эксцентричные, но добродушные духи, чьи фантастические способности обещают стать ключом к разгадке тайн. Вместе эта необычная команда...

Команда друзей отправляется в незабываемое путешествие, когда к ним попадает карта, обещающая привести к загадочному зданию, где, как говорят, обитают тринадцать таинственных духов. Скуби-Ду и его верные товарищи решают исследовать это место, не зная, что их ждет самое трудное испытание в их жизни. На своем пути они встречают странных жителей дома...