В годы гражданской войны в Казахстане, когда страна была охвачена хаосом и беспорядками, появилась банда басмачей, которая угрожала мирным жителям и порядку на границе. ОГПУ отправляет на их поиски специальный отряд под командованием Касымова - опытного и бесстрашного командира, который уже много лет борется с преступностью на территории страны....

В центре сюжета фильма "Тень завоевателя" находится Унжу - юноша, который благодаря своей отваге и умению проникнуть в самое сердце вражеских лагерей, поднялся по служебной лестнице от раба до тысячника в войсках Чингисхана. Однако, когда Унжу узнает о планах Чингисхана направить свои войска в Среднюю Азию, он понимает, что на игре не только его...