В тени разрушенного Нью-Токио таится тайна, способная изменить ход истории. Власть в стране держится на краю пропасти, где каждый шаг может стать последним. Полковник Сикисима и его соратники стремятся к власти, используя для этого сверхъестественные способности детей, подвергнутых жестоким экспериментам. Однако встреча с загадочным сверхчеловеком...

В продолжении мультфильма "Босоногий Гэн 2" мы видим, как жизнь главного героя становится еще более сложной и наполненной испытаниями. После потери почти всей семьи Гэн вынужден стать опорой для своей беременной мамы, стремясь обеспечить им обоим достойное существование. В поисках пищи и средств к существованию он находит друга, который напоминает...