В фильме "Тень ниндзя" действие разворачивается в древней Японии, где два великих клана ниндзя, Кога и Ига, живут вечной враждой. Главные герои - Генносукэ и Оборо, представители этих кланов, влюблены друг в друга, несмотря на запреты и проклятия, лежащие на их родах. Они готовы пойти на все ради своей любви и мира между кланами, но судьба им...