В мультфильме "Человек-паук 5000" Питер Паркер уже не тот студент-фотограф, которого мы привыкли видеть. Теперь он - настоящий супер-герой, способный молниеносно реагировать на любую угрозу. Но его давние враги не сдаются и продолжают подкрадываться из теней, чтобы навредить городу. Доктор Октопус, Зелёный Гоблин, Хамелеон - все они снова на пути...