Спустя много лет после событий первого фильма, журналист Стенли Маус отправляется на поиски древнего племени котов, о котором ходят легенды. Он находит его в глухой части Африки и узнает, что коты планируют запустить цепочку событий, которая приведет к Котовому Апокалипсису. Мышиная цивилизация оказывается под угрозой, и только специальному агенту...