В мультфильме "Призрак в доспехах у истоков: Грань 2 - Шёпот призрака" Мотоко Кусанаги сталкивается с новыми вызовами после ухода из подразделения 501. Теперь ей приходится принимать приказы от Арамаки, что не всегда легко. Пока кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве...