Спустя много лет после событий первого фильма, журналист Стенли Маус отправляется на поиски древнего племени котов, о котором ходят легенды. Он находит его в глухой части Африки и узнает, что коты планируют запустить цепочку событий, которая приведет к Котовому Апокалипсису. Мышиная цивилизация оказывается под угрозой, и только специальному агенту...

В городе, где царствуют кошачьи банды, наступает время решающей битвы с мышами. Однако, когда мыши узнают о планах кошачьих, им становится не по себе. Все надежды на спасение их сообщества возлагаются на профессора Фусимиси и его новейшее изобретение - аппарат, делающий кошек беспомощными. Лучший мышиный агент отправляется к профессору, чтобы...