В мультфильме "Бездомный Бог" рассказывается история о Малоизвестном Боге Ято, который не имеет собственного храма, но мечтает стать уважаемым божеством с миллионами верующих. Однако, Ято не особо стремится прилагать усилия для достижения данной цели, предпочитая проводить время в бездействии. Все меняется, когда обычная школьница Хиёри спасает...

История первая расскажет нам о старшекласснице по имени Хиёри, которая готовится к первому учебному дню. Она строит планы на будущее, надеясь на хорошие перемены, но все оказывается не так просто, когда в ее жизни появляется загадочный Ято. Он кажется вездесущим, всегда находясь там, где его не ждут, и всегда готовый повернуть судьбу в другое...

Жизнь Ноктиса перевернулась с ног на голову после нападения жуткого монстра, унесшего жизни его близких. Он стал сиротой, но нашел новую семью и друзей, которые помогли ему пережить потерю. Однако мир вокруг него стал меняться с каждым днем, когда война с империей привела к поражению его королевства. Ноктис решает отправиться в Столицу, чтобы...