В новом мультфильме "Покемон: Мьюту возвращается" Лидер команды «Р» Джованни находит Мьюту в тихом и удалённом месте под названием Джото. Он решает использовать Мьюту для своих зловещих целей и захватывает нескольких покемонов-клонов, чтобы заманить его в ловушку. Однако Мьюту не так просто поймать, ведь у него есть верные друзья, которые готовы...