В фильме "Годзилла против Мехагодзиллы 3" Япония стоит перед новой угрозой - Годзилла вновь поднимается из глубин океана, готовый уничтожить все на своем пути. Однако на этот раз ученые придумали необычное решение - создать Мехагодзиллу, огромного робота, созданного из органических тканей самого Годзиллы. Начинается эпическое противостояние двух...

В 1990-х годах Японию посещают странные путешественники из будущего, предупреждая о грозящей ядерной катастрофе, вызванной Годзиллой. Они предлагают вернуться в прошлое и уничтожить чудовище до того, как оно превратится в непобедимого монстра. Однако, когда они начинают свою миссию, на пути им встречается новая угроза - Кинг Гидора, трёхголовый...