После победы над Шредером, черепашки-ниндзя оказываются разбросанными по городу, сталкиваясь с новыми проблемами и вызовами. Сенсей Сплинтер встревожен странными событиями, происходящими в Нью-Йорке, и понимает, что перед ними новая угроза. Максимилиан Уинтерс готовит армию древних монстров, и только черепашки вместе с Эйприл и Кейси могут...