В центре сюжета мультфильма "Киборг 009" - обычный мальчик, который однажды просыпается в секретной лаборатории и обнаруживает, что обладает сверхъестественными способностями. Пугаясь своих новых возможностей, он решает сбежать из лаборатории и отправиться в поисках ответов на свои вопросы. Под покровом ночи он отправляется в путешествие, в ходе...